Den grønne omstilling af samfundet har stor betydning for samfundsøkonomien og går ofte på tværs af flere politikområder. Finansministeriet samarbejder med de relevante fagministerier med henblik på at fremme en holdbar klima- og miljøudvikling. Finansministeriet koordinerer desuden regeringens samlede grønne politik gennem sekretariatsbetjeningen af Grønt Udvalg (GU). Her behandles sager om regeringens politik på det grønne område med særligt fokus på at leve op til de mål, der er fastsat i klimaloven og regeringsgrundlaget vedrørende natur, miljø og klima.
Finansministeriet har også ansvaret for, at hensynet til klima og den grønne omstilling integreres i Finansministeriets regnemodeller. Hertil arbejdes der på at udvikle og konsolidere en ny grøn regnemodel (GrønREFORM), som kan vurdere samspillet mellem miljø-, natur- og klimapolitik og økonomien. GrønREFORM udvikles af modelgruppen DREAM i samarbejde med forskere fra Københavns Universitet og Århus Universitet.
Derudover deltager Finansministeriet løbende i sekretariatsbetjeningen af nedsatte kommissioner, ekspertgrupper og lignende i samarbejde med de relevante fagministerier. Det gælder blandt andet Kommissionen for grøn omstilling af personbiler, Ekspertgruppen for en Grøn skattereform samt ”Second opinion” (Evaluering af det faglige grundlag for kvælstofindsatsen).